秦皇历626年秋，墨家内部召开大会，由于墨家独掌朝政所带来的生产结构的变化，以及《日月干支斗数》所带来的影响。墨家原始的四堂制已经无法满足于治理国家的要求。由此墨家开始了对于内部制度的改革。
首先，墨家吸收了以家族制为单位的一大批工匠。他们中首要的代表人物就是从战国之始的公输家族，也有蜀中的后起之秀致力于金属冶炼的马氏家族，荆州的研究机械构造的黄氏家族，推崇于修道医术的雾隐山张家，以船舶制造见长的蔡家，专攻水利建设的李家和郦氏，以及擅长于车辆改造的薛氏和御龙氏。
正是由于接纳了这些家族以后，墨家在工业技术方面迎来了突飞猛进的阶段。但是限于教育的原因，能够致力于研究拥有一定知识功底的技术人员严重不足。墨家由此召回了所有外派负责普及技术工艺的墨者，将普及和更新社会技术工艺的任务下发到各个工匠家族，为了形成统一的管理制度。墨家罕见的改变了其单首的巨子制，新的制度采用了双首制。废除原本的4堂制，采用了天干地支体系命名的22部门制。采用天干10部，地支12族的管理方式。天干10部由墨子进行管理，其中甲部负责新人员的甄选、培训、以及分配和工作调整。乙部主要由原来的暗堂人员构成，负责墨家人员的安保、刑律，以及对敌队人员的甄别工作。丙部负责内部技术资料的审核，编撰和管理工作。丁部作为财政部门负责墨家的对外交易。之后的六部则分别负责金属锻造、水利工程、生产机械、药物制剂与火药、农牧驯养、天文历法这6个方面新技术的研究和开发工程。
而地支12族以公输家族为首，公输家族的首领被称为墨师，他们接过原本普通墨者的任务，宣扬墨家思想，向民众推广新的生产技术。而在新的制度当中，墨家巨子为首的天干十部仍旧是以师徒传承的方式确定继承人。而以公输家族为首的墨师地支十二族仍旧以家族传承的方式进行发展。
秦皇历634年，经过8年的潜心发展，蜀国的生产方式发生了巨大的变化。首先是在金属制造领域，改良了原本的窑炉，使用水利鼓风，水利机械搅拌进行炒钢法炼钢，水利锻台能够使用灌钢工艺大量生产精钢制品。而在此之前，钢铁制品还只依赖于手工锻造的夹钢工艺，能制造出来的工具有限，质量参差不齐。
得益于金属冶炼技术的进步，新式机械也有了长足的进步，水利纺织机，新的提花机使得蜀锦的生产工艺和产量进一步提升。铁制铲头的铁犁、楼车、铲、锄等农业工具也开始大量在民间使用，进一步提高民众的生产效率。金属冶炼技术的革新，使得新式兵刃开始普及，在造船工业上依托于辐轮改造而来的圆橹及其传动机构开始在楼船以外的中型船只上大规模应用开来。除此以外更耐用的龙骨水车，新式水磨，以及应用于开采盐井的轮式顿钻，绞架式装卸装置，木模活字印刷，转轮式发石车，单人连弩，喷火车等一系列技术被发明出来。
秦皇历635年，经过9年厉兵秣马，更新了军备的蜀军开始北伐。当蜀军北出陈仓之时，代国的军队还在玩骑兵冲阵的战术，但是可惜的是这种轻骑兵战术在精锐的重甲步兵以及蜀军铺天盖地的箭矢和人头大小的飞石联合打击之下损失惨重。重甲步兵手持锻钢制造的斩马刀甚至能够一刀斩下战马的头颅。
在精良武器的加持之下，蜀军打的缺乏铠甲的鲜卑人抱头鼠窜，迅速收复了咸阳。之后沿运城盆地北上晋阳，准备收复三秦旧地。可就在此时蜀国后方传来了噩耗，趁着蜀军主力北伐之际，长沙郡守谢安在越国朝堂的默许之下发动了白衣渡江，在越国商人的引领下，偷袭了蜀国南郡，荆州失守；谢安此举对他个人而言洗清了当初出售荆州所带来的不利影响，但是也将汉水之盟沦为了笑话。从那以后双方开战，必先清理边境商人和普通百姓。
而更可笑的是就在秦皇历636年春，谢安拿下南郡不过三月，鲜卑人同样组织军队突袭了荆州。谢安为首的荆州守军被围，他的行为使得越蜀两国的盟约就此作罢，双方成为仇人，因此此时没人会去救他。在被围城两个月之后，谢安率部投降鲜卑；此时蜀军北伐主力刚好被调回至成都，代军拿下南郡之后起初准备率军东进。与蜀军的夷陵守军大战一月余，直至蜀军支援赶到不得不就此作罢。
秦皇历639年，越国水军经淮江运河北伐；北击山阳，攻泗水郡。双方在淮阴展开大战，此战越国水军大胜，步军攻城不利，鲜卑援军到达，越国被迫无奈撤退。
秦皇历641年，在张家的长期研究之下，火药配方被改良，原材料由原本的10余种，被改良至四种：硝石粉、硫磺粉、碳粉、燃石粉（燃石就是现在的电石，一般在煤矿中作为伴生矿出现，古人在《拾遗记》中记载）。其后改进地火雷，用投石车投掷，落地则炸，蜀军将其称之为天火雷。同年秋，蜀军自咸阳出，北伐晋阳，蜀代双方大战于绛州。鲜卑人骑兵第一次遭遇天火雷轰炸，马惊，主将公孙郎打败仗而回。在燕京，公孙郎私下面见代皇慕容玺，拿出一颗因为故障未爆炸的石雷，声称蜀军已掌握雷法，这一次战败非战之罪。
慕容玺看着这个石头疙瘩打心眼里不信，他倒要看看这是个什么东西，于是找来石匠凿开这个石球，里面居然另有名堂，是一堆灰黑色的粉末。经过工匠辨认，称这里面应该是碳粉和硫磺，都只是引火之物。
慕容玺大怒，「朕如此相信于你，将十万大军悉数托付，你就拿这么一堆用来引火的黑粉来糊弄朕！」说话之间气急败坏，一把掀翻了桌子，桌子上的茶水洒进了黑粉当中，听砰的一声巨响。药粉一下子就爆炸了，被炸碎的茶壶碎片飞散各地。有一些打在了公孙郎的身上，其中一颗好死不死的直奔慕容玺的眼睛。剧烈的爆炸声引来了外面的侍卫，连忙将两人带下去救治。两人都躺在太医院中，慕容玺忍受着眼睛带来的痛苦，对着包成粽子的公孙郎说道：「是我错怪将军了，秦人奸诈不可信，回头就让人把他砍了！」
秦皇历642年，代国广招工匠研究，遍寻可以爆炸的黑粉。这东西被墨家人严格保密，视为军国利器，三年时间毫无进展，只能以锣鼓声代替爆炸声训练军马。
秦皇历645年秋，蜀军自崤关东出与代国大战于洛阳。此战鲜卑主将公孙策充分发挥轻骑兵的机动特点，只进行骚扰，绝不进行正面对抗。蜀军只能对骑兵进行驱赶，无法进行全力攻城，消耗日渐扩大最终只能撤兵。
秦皇历646年，蜀国皇帝秦垣驾崩。唯一的皇子镗在墨家的扶持下登基，时年7岁。趁此时机鲜卑人发动南征之战，在越国降臣谢安的带领下，拿下长沙郡，随后沿江南下兵锋直指金陵都城，越国再次被迫南迁，将都城迁回南海郡。双方大战4年有余，代军和越国在韶州大战，代军久攻不下，始终拿不下关城，双方就此偃旗息鼓。
秦皇历648年蜀军趁着越军和代军大战之际西征凉州，打的羌人抱头鼠窜，溃不成军。一年时间收复甘州，重建西域都护府。西向通道的打开，再次彰显了大秦的霸主地位，（为什么说是大秦，此时虽然中原战火连天，是三国争夺的却是大秦的正统地位。华夏传统中方伯是没有资格参加朝廷正统地位角逐的，有参加正统地位角逐的只能是王的子孙和王的亲信——侯。这就相当于董事长死了，能参加董事长职位选举的人，只有董事长的子孙以及他的这些有股份的合伙人，对于普通的公司管理人员只能说你选择支持谁，但是在决策层的桌子上，你是没有资格说话的。）西域各国再次前来咸阳朝贡，蜀锦通过甘州销往西方，这次朝贡为蜀国带来了大量战马。
秦皇历652年，蜀军再次东出，此战分两路，双管齐下，一路进攻洛阳，另一路沿大江东下进攻荆州。鲜卑人两面应战，先战败于荆州，之后又再次战败于洛阳，653年蜀军在南阳完成会师。鲜卑和蜀国各掌半壁江山。
秦皇历655年中原大旱，此时中原的土地早已兼并严重，大规模良田化作牧场，而在齐鲁之地则构建建成了以曲阜孔氏为核心的大规模粮食生产基地。当天灾来临之时，代国非但没有震灾，反而大规模征丁征粮，整军备战。曲阜孔氏此时已经成为千年世家，400年一次的大规模干旱早已经历了两次，他们开始大规模屯粮。
秦皇历656年，蜀国围绕荥阳和朝歌一线与代国展开大战；这一战将决定中原之归属，双方都是全力以赴。双方在前线打的惨烈，而代国的后方却出了问题，在泗水爆发了中原历史上第三次大规模农民起义。陈朝仙是个世代耕种的农民，大旱灾爆发时，他还只有17岁。父母饿死了，家中就饿的剩了他一个人，好不容易挨到了秋天，上门征税的税吏来了，要抢走他家里最后一包粮种，可怜这包种子父母要饿死的时候都舍不得吃，一个气血方刚的年轻人能这样就让人把自己的命根子抢走？他抄起自己挖野菜用的锥子一下子就从后面捅死了毫无防备的税吏，抢了他的腰刀冲出家门接连砍伤三个运粮的随从，其他人做鸟兽散。就这样他有了一车八袋粮食。
地是种不下去了，怎么办呢？凭借这8袋粮食招揽了一些儿时的玩伴，干脆上山落草为寇。这时候他们在路上又捡到一个人，看样子是个书生，饿的半死不活，心存良善的他带上了这个可怜的家伙。救活这个家伙之后，才知道他是个落榜的书生。自认为熟读四书五经，《墨经》《管子》以及道家经典也略懂一二。于是这个出身寒门的家伙就跑到燕京进行考举，现实狠狠的给了他一巴掌。代国的考举在四书五经的基础上加入了鲜卑文（东还的匈奴人在乌尔都语的基础上繁生了鲜卑文），当时代国朝廷主持考举的是以前的匈奴贵族，他们在慕容氏的暗中指示下进行了国文考试不过关的人不纳的潜规则。可怜这个叫王景友的家伙辛辛苦苦考了三天，国文交了白卷，结果初试都没过。他不服气呀！于是就跑到贡院去问，贡院的官员警告他别闹事，还朝他脸上啐了一口：“国文都不会的家伙，也敢来考举，想当官想疯了吧！”
他回去之后越想越气，于是在京城中打听哪里能教国文，这一打听之下他人崩了，燕京国文书院入院缴纳白银5000两，学三年，其后每年1000两。得知消息之后，他气炸了，这不是明摆着买官卖官吗？我这辈子书就这么白读了？失魂落魄的他踏上了南下回乡的路。
书当然不会白读，就这么机缘巧合之下他随着陈朝仙上了山，当了他的军师。灾情越来越严重，跟着他们落草的人一开始的十几个人增加到了几百人。他们那点粮食吃空了，合计之下干脆抢税粮。要去抢官府的税粮，就要有一个名义让这些人敢跟着你去，这怎么办呢？陈朝仙掏出一本族谱，还是是一本被烧掉了一半的族谱。他举着这半本族谱大声喊：「我乃大秦宗室陈侯之后，有族谱为证，如今鬼方（中原自古以来将北方游牧民族称为鬼方）入侵，不孝子孙陈朝仙，将起兵抵抗北蛮，在场的诸夏儿女有敢跟我去的吗？敢跟我一起去的勇士我们今天吃完山上山最后一顿粮，去杀出一个朗朗盛世。」
就这么开局一把钢刀，几百根木棍陈朝仙的队伍越抢越大，这个时候天灾严重，到处都缺粮食。他们先后攻破了泗水县、山阴城直接截断了连通南北的漕运。这下子荥阳前线就断了粮，代军南线直接吃了败仗。
拿下了山阴县，截断了漕运的陈朝仙发现他依旧养不活这么多人，在这种情况下，他听说曲阜孔氏有粮，于是开启了北进战略，沿着运河一路北上他直接带领他的兵马打到了徐州城下。面对极其坚固的徐州城防，起义军严重缺乏攻城器械，就如同饿狼咬乌龟无从下口。他们一合计，北方到处都没粮，这么围下去也不是办法，既然南方能有粮沿着漕运北上，那南方的灾害肯定不如北方严重；南方指定有粮，在王景友的策划之下，起义军开始南下，一路打到金陵城下，金陵的城墙虽然同样坚固，但是城外到处都是江河湖泊，不愁没地方找吃的，金陵城一围就是一年多。等到鲜卑北方战败，金陵守军自知获救的希望渺茫。于是开城投降了，起义军占领了金陵，开始招降纳叛。658年，陈朝仙登基称帝，在金陵宣布建立陈国，在丞相王景友策划之下吸纳大量的寒门书生进入朝堂理政；由农民军建立的草台班子陈国首次出现在了历史的舞台上。
秦皇历659年陈朝仙在金陵建立陈国的消息传到了北方灾民的耳中，顿时就引起了轩然大波，一时间中原大地龙蛇四起，各类起义军层出不穷，甚至在齐鲁之地上有人打出了先入曲阜者为皇的旗号，一时间无数饥民在向着曲阜朝圣的路上络绎不绝。孔氏见势不妙，急忙派人进入燕京求援，刚打了大败仗的鲜卑人哪里还有兵力去救援孔家。于是一缕写着「朝无救，奈何」的布条绑上了信鸽的腿飞往了曲阜。
第二天一只鸽子飞了回来，腿上的布条上写着「求于蜀」，收到布条的人急急忙忙的跑到厨房里，要了7天的干粮一匹快马，提着蒙着黑布的的鸟笼出了西城门，一路快马加鞭赶向朝歌。原本七天的行程，六天就赶到了，路上还累死一匹马。到了朝歌以后，这个人凭借一块玉佩一路闯过前线的封锁直接到了蜀军军营之外，巡逻的小兵直接把他抓了起来。压到蜀军主将面前；“报告将军抓到个奸细。”
那人翻了个白眼，转身对后面的伍长说道：「你见过哪个奸细会穿着锦帛，站在兵营门口等你抓的！赶紧给我松开，我是孔家派来的使者，有要事和你们将军商议！」
那伍长看了看主将，将领挥了挥手。于是他解开了绑着的绳结，带着自己的绳子出了营帐。“你是什么人？”蜀军的将领坐在籍案前问他。
「曲阜孔氏孔游，奉家主之命前来拜会！将军也不必试探，我明着告诉你代国经历此战元气大伤，前线不会再有援军前来了，就连燕都也快要断粮了！曲阜此时应该是快被饥民围困了，我此行是来向贵军求援的，希望贵军能发兵前往曲阜解围。」来人十分洒脱，说话直奔主题。
“早对中原大灾有所耳闻，只是未曾想到如今灾祸都已发展到如此程度了吗？可是我们即便去了也没有粮草借给你们！”那将军皱着眉头说道。
「曲阜有粮230万担，但是兵力严重不足，根本不敢开仓放粮。只要贵军能够前去，贵军所需粮草，孔家一力承担！」那人苦笑着说道，“一开始预测到大灾的孔家就在疯狂的屯粮，屯到粮食在粮仓里装不下。等到外面激起了民愤之后，族老们松了口想要放粮之时候，外面的饥民蜂拥而来，孔庙缺乏军队，只有族丁5000余人根本不敢再开仓放粮了。外面的饥民如果入了城，就怕孔氏宗庙毁于一旦，传承了千年的古文典籍若有损伤，那便是千古罪人了。”
“此事我做不了主，只能连夜送你过河前往荥阳城，救与不救只能由主帅定夺！”那将军身为墨家之人，心中冷笑。大灾之初不想着救民于水火之中，现如今宗庙不保，才想着开仓平息事端。