秦皇历485年，秦明称帝，颁布新制治理天下。正值天下变革之际，朝政一片混乱，他以梳理朝政，实行新制为由收缴各地兵符，之后以巨子令招天下墨家之人，聚之咸阳。
新制实行之始，儒墨之争再起。从礼制与尚贤、尚同之争到如今贤人治政与依法治政之争。由天命论与非命之争演变成现在历法的天人合一与道法常在；不为尧存，不为禹竭的智辩。
而刚正守秩的法家经此一难，已经名存实亡。或收入儒家，或并入墨家。儒墨之争但看似是两家道统的矛盾，实则是公天下之争背后的士人精英与天下之人的制政之权争夺，权利来源的解释权之争。但不论如何，公天下已经成为世人认可，不容违逆的趋势。
秦皇历487年，秦明病重，对于新制背后国家权力的来源到了必须盖棺定论的时候，他先后诏见了儒家代表孔氏，然后又召开了墨家内部会议，希望将皇位传承给太子的同时，将墨家巨子的位置也如同皇位一起世代相传。墨家一众长老坚决反对此事，他们对皇位的传承并无意见，但是墨家巨子的传承自墨家建立以来就有严格的接任制度，师徒传承的学治体系不容改变。
秦皇历488年春，经过三次墨家内部会议商议未果，秦明再次召见了孔氏，最后下定决心罢黜墨家，独尊儒术。逮捕天下墨家之人，焚烧墨家从政典籍，墨家四大长老三个被捕，在被捕之前，他们都发出巨子变节，隐退天下的信号，在暗堂堂主的策划之下，墨家开始淡出朝堂，进入至暗时代。同年秋，明秦第一代帝王秦明驾崩，太子秦广继位。
儒家当政第一件事就是摒弃法治，建立以礼制为核心的国家管理制度。君为臣纲，父为子纲的至孝政治。与此同时，撤销工坊，关闭大量矿场，在全国范围内实行齐户编民，严格限制人口流动，摒弃王田制实施民田制，新制度的推行使得大秦原本发达的手工制造业直接陷入崩溃当中。实行的按业分户制度更加直接固定死了社会阶级层次的变迁，使得整个国家由高效运转的机器直接变成一动不动的礼器。儒家士大夫骄傲的将这样一个社会称之为盛世之治。
秦皇历496年春，涪陵郡土司杨世钊与罗炳田因田界勘察问题大打出手，双方由骂战逐渐演变成械斗，最后参与械斗的规模逐渐扩大。地方官府数次劝说无果，最终上报咸阳朝廷。咸阳派遣大理寺官员前往调解，由官方进行核定划界。首次划界，杨世钊不服，认为大理寺官员有失公允。于是朝廷便派遣户部侍郎前往进行二次划界，由于两次派遣的官员根本就不会核算田亩，都是按照舆图一笔了事。罗炳田感觉第二次划界划的更加离谱，当事双方对这一结果都不满意。于是双方干脆各出了个方案，最终决定以械斗定输赢。
秦皇历496年秋，朝廷开始收秋税。地方官员按照鱼鳞册催缴田税，杨世钊拿到税单通知之后，觉得款项不对，于是便带着田亩文书上县衙复合。县令查看之后告诉他，他手上的田亩文书界堪有问题，坚持要求按照鱼鳞册收税。杨世钊极度不满，但无可奈何，悲愤离去。
秦皇历497年春，地方胥吏再次找到杨世钊以收运粮费为名，要求他的寨子再度缴税。（实际上是地方官府在核算账目时出了错，上报的时候报多了。在法治时期，田税的缴纳与运送都是由府衙经过严密计算之后，上报朝堂，算错了地方官府都要自己想办法承担的。为了禁绝地方官府行勒索之事，对于秦法对收税范围和次数都是有严格的规定！所以出这种事通常都是地方官府用自己的钱或者找大商人借钱去填窟窿。）土司杨世钊以闻所未闻为由，拒绝二次缴纳粮税，此事直接引爆了地方土司与官府的矛盾。县令索性将税款差额全部推到了杨世钊身上，上报朝堂称他心有反意，不愿缴税。杨世钊听了此事之后大为恼火，秦皇历497年秋，他索性就真不缴税了。
连续两年赋税缺额，直接惹恼了县令。县令决定让他吃个教训，派人去抓他。杨世钊也是个暴脾气，直接把县令派来的人一顿暴打，赶出土寨。县令见自己拿他没办法，并上报郡守杨世钊谋反。（实际上是蓄意打击报复。）郡守也未派人复核，直接派兵镇压。这样一来导致官逼民反，杨世钊直接以武力对抗。周围土寨对补税之事早已不满，看到地方官府派兵剿灭杨世钊未果，也同样像他一样索性就不缴税了，反正你也拿我们没办法！（那个时候人都很淳朴，自己算错了账，让我们来承担，凭什么？）土司之乱由此爆发，席卷西南。
秦皇历498年，朝堂收到消息之后，非但没有处置县令，反而征兵围剿土司（谈判都不谈了，直接开打）。土司联军在卢阳与官军展开大战，战事延绵三年毫无进展。官军死伤甚重，朝堂威望大打折扣。
秦皇历502年，恒氏之子恒丰建都建康，称越王，起兵反叛（早知道老皇帝死后，你们就这么废，我当初就不投降了）。朝堂两线作战压力巨增，于是只能采取剿抚并用，东剿西抚之策，以应对南方的叛乱，从此开启了南方土司不纳税赋的历史。
秦皇历511年，恒氏兵败远走南方，越国从此迁移至交址（朝堂儒家掌权之后仗打的稀烂，土司剿不动，举全国之力打一个东南，打了9年也未尽全功）。
秦皇历514年，乐浪郡三韩复叛，建国朝鲜。朝堂诸公以苦寒之地食之无味，弃之可惜为由，干脆封王安抚。（实际上是东南大战连续打了12年，国库打空了，没钱粮打了。）
秦皇历515年，贰世秦广在享受一世富贵荣华之后驾崩，史称仁皇帝。（自己给自己无能贴金，说以仁义为先。）经过一番政治斗争，皇帝四子15岁的秦浩登基称帝，权相荀苗以辅政之名，包揽朝政。次年，淮河流域水灾严重，与此同时关中出瘟疫。儒家声称此乃皇帝失德所致，要求皇帝敬天法祖，下罪己诏。（天灾发生朝堂不救灾，反而把锅推到了15岁的傀儡皇帝身上，假惺惺的的告知天下都是我的错，要怪罪就怪罪我吧，不要怪罪我的臣民，这实质上是人文思想的退步。）
秦皇历522年，皇帝秦浩于武英殿设计擒杀荀苗，还政朝堂。此事直接激起了儒家士子的不满，纷纷罢朝。无奈之下皇帝只能妥协，宣布东巡泰山祭拜孔子，封孔丘为至圣先师来缓和矛盾。同一年，在四百年前被赶至西方的匈奴得到金属铸造工艺之后（在此之前他们能少量制造金属器件，弓箭还多以骨制箭头为主），在鲁塞尼亚地区东部（今乌克兰东北部，哈萨克斯坦西部）开始发展壮大，重建匈奴王庭。
秦皇历526年，匈奴王庭发生巨大变动，新单于阿拉提上位（就是那个号称上帝之鞭的阿拉提）。万夫长只脖儿斤氏争位失败，只能带着部落东迁，历经四年至阿尔泰山东部地区落脚。
秦皇历542年，经过12年的休养生息，明秦逐渐繁盛，形成一片盛世祥和的气息。而东部匈奴此时也开始发展壮大，占据北部草原大半。
秦皇历543年秋，明秦三世皇帝秦浩驾崩。太子秦乾继位登基。与此同时，东部匈奴与鲜卑蛮族大战于瀚海南部，此战鲜卑大胜，兼并东部匈奴。吞并匈奴人口之后原本被打的七零八落的鲜卑再度发展壮大（鲜卑多次南下寇边，被大秦教训，发展低迷时期被打到人口不足5万）。两部合并之后，人口再度达到30万，号十万控弦之众。以盛乐为都，建立代国。
秦皇历547年秋，南部恒氏越国励精图治发动北伐，攻入南海郡，象林郡；南方战火重燃。新皇秦乾被动迎战，边关军士不敌于越军，一度溃败至虔城地区。恒氏越国发展壮大，朝廷紧急增兵豫章郡，双方在豫章南部展开大战。战事绵延5年后未有胜负，最终不得不停战谈判。与此同时，北部草原代国经过连续南征，一统草原各部落。
秦皇历554年，代国南下寇边。明秦只能依靠长城死守，被动挨打。（儒家大规模废弃矿场，关闭工坊以后，秦弩的研究和制造就陷入中断之中，铸造造精良的箭矢产量一年不如一年，各类战争机械也由于墨家的离去彻底摆烂，各类兵甲的锻造也不如从前精良。这背后的原因是冶炼配方的缺失，秦汉制武器是使用多种矿物配方冶炼的合金，这一点从出土的秦或者汉制武器能看得出来，墨家不仅使用合金来锻造兵器，他们还使用矿物粉末配方进行火炼法对将校的武器进行镀金。而墨家彻底隐退之后，金属的大规模冶炼工艺就开始停滞不前了。）在三番四次的吃亏之后，朝堂上开始意识到武备丧失的危害，但是要让儒家向墨家低头那是不可能的，于是在这种背景之下，活动于民间的公输氏再次被请回了朝堂之上。家主公输铎被征辟为工部右侍郎，专司朝廷武备兵甲的锻造之事。
而沉寂五十多年的墨家也以此为连接，重新开始活跃起来。实际上在过去十几年里，墨家也一直试图渗透进儒家，以借此来暗中回到朝堂之上。但是效果一直不是很好，因为墨家尚检，许多弟子通过儒家一回到朝堂就迅速腐化，不搞研究，开始享受起了生活。而公输家族回到朝堂之后，墨家以此事为基准重新渗透进入工部，借助国家资源更新军事机械。（战争机械的研究是非常吃资源的，墨家在过去的几十年里，丧失国家支持之后，军事机械的研究一度陷入停滞，只凭商业利益根本就无法支撑军工研究的推进。）
秦皇历557年，代国南攻晋阳城。企图复刻羌人灭南秦之旧事，更新武备之后的明秦军队借助铜蒺藜，厢车阵，地火雷三大利器惨胜代国的鲜卑骑兵。斩敌13000骑，缴获战马7000多头，自身伤亡2万余人。（原始火器开始第一次登上历史的舞台。）南征受挫的鲜卑人，放弃了速胜的想法，开启了每年一次，多点渗透的劫掠战法。而西域的丧失，常年未收复，导致明秦的战马极度缺乏，军队退化为步兵。
秦皇历561年，西羌人也加入了东下劫掠的队伍，大河北方不胜其扰，无奈之下再次迁都洛阳。两年后，咸阳城被西羌攻破，羌人在典农（宁夏附近）建国称后秦。（他们认为自己攻下咸阳灭了大秦，该继承大秦的疆土。）从此以后明秦陷入衰落后期。大河北方燕赵之地也逐渐被鲜卑建立的代国所占；次年，代国迁都渔阳，改渔阳为燕京。
秦皇历565年，皇帝秦乾在迁都的屈辱中病逝于汴州，20岁的大皇子秦昀继位。值此时机，后秦与代国同时南下，朝堂评估战事不利，再一次执行迁都南下许昌。儒家为了再一次避免出现周失典籍，百家争鸣的情况出现。朝堂先一步迁移大部分典籍，这些典籍被一分为二；其中关于机械，百工技术的部分被送往川蜀之地。涉及天文，历法，节气等勘定推算之法被送往建康；朝堂诸公此时已经做好了亡国的准备。
秦皇历571年，北方战争持续六年，三方僵持于大河防线，你唱罢来我登场。连年的战争导致北方百姓疲惫不堪，长期的消耗战让大家看不到胜利的希望，于是北方百姓纷纷南迁，于是形成了历史上有名的诸夏衣冠南渡事件，大江南方开始兴旺起来。
秦皇历574年，三方都打不动了，大家开始偃旗息鼓。明秦趁机迁都建康，改名金陵。（这个时候已经开始吸取北秦的教训，大战之时绝不迁都）
秦皇历581年，在南方越国发生了重大的政治事件，在北征和谈之后，越国能安分下来主要是因为两件事，他们因为承袭秦制的原因，因为税收之事西面的和西边的土司发生了争斗。（事实上这是中了祸水西引之策；和谈划界的时候，北方朝廷故意把涪陵郡南方的一部分划给了越国，那里是土司、生苗聚集的地方。）另一件事就是不久之后越王去世，越国朝堂发生了立储之争。在这之后上位的大王一个比一个命短，频繁变更的皇室和朝政根本就让越国形不成合力。终于在这一年越国太尉阮南烛直接兵变，弑杀越王恒泰全族，自己上位称王。丞相黎朝允见势不妙，带着家族众人仓皇北逃，到金陵求救。朝堂上的儒家众人听闻之后怒不可遏，如此恶徒焉能让其逍遥天地之间。于是在明秦朝廷的支持之下，黎氏带领3万久经战阵的秦军南下，打着为越国王族恒氏报仇的旗号攻进南海郡，召集亲信故旧围攻都城番禺，与众人约定先入番禺城者为王。围困城池一月有余，阮南烛自戕，其部众开城投降。
秦皇历583年夏，黎朝允在番禺城受封越王，建立黎朝越国。其后效仿明秦改制，任用儒生治理国家。
秦皇历586年中原战事再起，先是鲜卑代国与羌人后秦大战，羌人不敌，求救于明秦。明朝廷经过斟酌之后出兵，沿淮黄运河北上至汴州，之后沿着黄河东进进攻燕京，这招围魏救赵成功的让鲜卑人停下了西进的脚步。从此以后，中原大地进入三国争霸的局面。
大秦历594年，明秦皇帝秦昀病逝于金陵。19岁的大皇子秦祥登基为帝，被称为贤王的蜀王秦驹辅政。蜀王年长，长期活跃于中原前线。607年，皇帝秦祥身在宫室之中，常年听得到朝臣对贤王的夸赞之声，心中不岔，逐渐起了厌烦之心。自古以来登高震主者，难有善终；更何况秦驹还是宗室。
秦皇历608年秋，明秦朝廷的政治斗争拉开帷幕，朝堂上保皇派与贤王派开始了对权力的争夺，后方不稳前线也无战心。已经42岁的蜀王只能回到金陵处理朝事，前线的鲜卑人看到了机会，直接发动了西征，趁着明秦朝廷动乱之际，于609年攻克咸阳，兵进典农。羌人弃城逃往关外，后秦即灭。
秦皇历610年秋，代国国主慕容至在燕京登基称皇，同年派十万兵马从陈仓出发，进兵汉中，得到消息的蜀王顾不得朝堂的争斗，立刻乘船出发前往蜀地组织防御。双方在汉中大战三年，由于地形对骑兵不利，鲜卑屡次损兵折将。战报传到金陵，皇帝秦祥动起了北伐的心思。既然蜀王王以8万不到的区区偏师能在汉中抵挡代国主力骑兵，而他自己手握二十万步卒，5万水师未必不能复刻昔日闪击燕京之旧事。
秦皇历611年夏，秦祥不顾朝中大臣反对，在金陵大张旗鼓誓师北伐，率领南军步卒20万，大江水师5万再次沿运河北上汴州。可是他不知道的是他在大张旗鼓的誓师之时，早有眼线将消息传到了北方燕京。